Ngày 8/5, ông Kỳ cùng Phạm Bình Minh, cựu Giám đốc chi nhánh văn phòng đăng ký đất đai huyện Bắc Yên và Lò Duy Thành, cựu Trưởng phòng Tài nguyên và Môi trường huyện Bắc Yên, bị Công an tỉnh Sơn La khởi tố, tạm giam để điều tra về tội Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ.
Ông Kỳ bị điều tra sai phạm khi là Chủ tịch UBND huyện Bắc Yên.
Theo điều tra ban đầu, năm 2017, ông Kỳ lợi dụng chức vụ để chỉ đạo ông Minh và Thành lập hồ sơ chuyển mục đích và cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng cho người thân quen tại khu khách sạn Đồng Tâm và cửa hàng xăng dầu Tuấn Trung, ở Tiểu khu I, thị trấn Bắc Yên.
Cơ quan điều tra cáo buộc các lô đất này được chuyển đổi từ đất dịch vụ thương mại trúng đấu giá thuê 70 năm của Nhà nước sang đất ở lâu dài là trái quy định. Hành vi này bị cấm theo Luật đất đai 2013, gây thiệt hại cho ngân sách.